Embora atualmente a palavra “caixa” apareça quase sempre acompanhada de um número, quando aparece sozinha causa dúvidas quanto ao gênero. A palavra é feminina quando designa seção, repartição ou órgão: Foi até a caixa. / A Caixa Econômica.

Já como livro de escrituração (caderno onde são registrados os créditos e os débitos), tem o gênero masculino: Registrou as despesas no caixa. Por fim, se se refere ao funcionário, concorda com o sexo: Ele é o novo caixa do banco. / Ela era a caixa da empresa.

Expressão muito usada atualmente, caixa dois é sistema contábil que registra recursos não declarados na escrituração legal, a fim de sonegá-los ao fisco.

Veja exemplo:

Novo delator confirma caixa 2 de Aloysio Nunes

Caixa de...

O substantivo que vem após palavra de ideia coletiva deve estar sempre no plural: caixa de fósforos, caixa de palitos, caixa de sapatos, etc.

Você sabia que diminutivo irregular de caixa é caixeta, caixola, caixote?  E que no aumentativo (caixão), ocorre mudança de gênero (substantivo masculino)?

Caixa eletrônico: equipamento bancário, ligado a um sistema de computadores, que presta serviços (p.ex., depósitos, saques, extratos etc.), quando acionado pelo correntista, identificado por um cartão magnético. Por metonímia: local onde fica esse equipamento.